Bernal đã đá chính 3 trận đầu tiên của mùa giải (gặp Valencia, Athletic Bilbao và Rayo Vallecano). Không ai phản đối quyết định của Flick. Bernal trông như một tay lão luyện bất chấp độ tuổi non choẹt và kinh nghiệm thi đấu ở La Liga ít ỏi. Nhưng đến phút bù giờ thứ ba của trận đấu tại Vallecas, mọi thứ đã dừng lại. 

Một pha vào bóng không mong muốn của Isi Palazon đã khiến Bernal nằm sân đau đớn, còn Flick thì nhìn vào hư không. Ông thừa nhận trong một cuộc họp báo rằng chấn thương có vẻ khá nghiêm trọng: đứt dây chằng chéo trước ở đầu gối trái kèm theo chấn thương sụn chêm ngoài. Anh sẽ phải nghỉ thi đấu cả mùa.

Vào ngày 9/9/2024, anh đã trải qua ca phẫu thuật thành công dưới sự hướng dẫn của bác sĩ Joan Carles Monllau. Sau giai đoạn hậu phẫu, quá trình hồi phục bắt đầu. Quá trình này rất dài, trong đó các HLV, chuyên gia hồi phục và chuyên gia vật lý trị liệu của Barca đã đóng vai trò quan trọng.

Bernal sống ở một khách sạn bên cạnh Ciutat Esportiva Joan Gamper để anh không phải di chuyển nhiều khi đến đó mỗi ngày. Anh tập luyện với dây thun, tạ và các bài tập vận động. Nhiều đồng đội ngạc nhiên về sự thay đổi về thể chất của Bernal trong những tháng gần đây sau thời gian dài tập luyện. Anh không chỉ cao hơn mà còn cuồn cuộn cơ bắp.

Tuy nhiên, anh vẫn chưa thể thi đấu nhiều ở mùa giải mới. Trung tâm hàng tiền vệ dường như vẫn phải dựa vào bộ đôi De Jong và Pedri, và bộ đôi dự phòng là Gavi và Casado. Bernal sẽ phải cạnh tranh vị trí với những đồng đội rất giỏi này nếu muốn có chỗ đứng.

Nhưng Bernal có một đặc điểm mà những người khác không có. Anh là tiền vệ có khả năng giữ bóng tốt nhất trong số những tiền vệ trên. Anh giữ thăng bằng, đóng vai trò mỏ neo tốt và cho phép các đồng đội ở hàng tiền vệ của mình di chuyển linh hoạt hơn. 

Bernal là một kiểu Sergio Busquets mà các Cules hằng mong đợi cùng phẩm chất điềm tĩnh, bình tĩnh và cân bằng. Còn Frenkie có khả năng cơ động và phá vỡ các tuyến khi di chuyển; Gavi có khả năng tấn công tốt hơn; và Casadó, ngoài việc là một chân kiến tạo tốt, còn là một người cầm trịch hoàn hảo. 

Barca không muốn để ai dòm ngó Bernal, và tháng 9/2024, họ đã thông báo gia hạn hợp đồng với anh đến ngày 30/6/2026, kèm theo tùy chọn gia hạn thêm 3 năm nữa, đến năm 2029. Đối với Barca, đây vừa là cầu thủ của hiện tại vừa là tương lai. 

Đối với Flick, thật may mắn khi Bernal đã lấy lại được tinh thần tích cực, trở lại tập luyện vào đầu tháng 7, sớm hơn các đồng đội, để anh có thể sớm được ra sân trong chuyến du đấu châu Á bắt đầu vào ngày 24/7.