Chiều ngày 7/9, vòng loại đã diễn ra lượt trận cuối. Ở bảng A, Thể Công Viettel vượt qua Huế 2-1 để giữ chắc ngôi đầu với 19 điểm. Trận hòa 1-1 giữa Công An Hà Nội và Hà Nội giúp đội bóng Thủ đô cán đích nhì bảng (14 điểm), trong khi Công An Hà Nội đứng thứ ba với 12 điểm.

Bảng B chứng kiến cuộc đua hấp dẫn giữa PVF CAND và SLNA. Thép Xanh Nam Định bất ngờ đánh bại PVF CAND với tỷ số 3-0, nhưng PVF CAND vẫn giành ngôi nhất bảng với 24 điểm, nhiều hơn SLNA (21 điểm), đội đã giành chiến thắng 1-0 trước Hải Phòng. Đông Á Thanh Hóa khép lại vòng loại bằng trận thắng đậm 8-2 trước Luxury Hạ Long.

Ở bảng C, TP.HCM tạo dấu ấn với chiến thắng 4-2 trước SHB Đà Nẵng, trong khi Gia Lai và LPBank HAGL chia điểm trong trận hòa 3-3. Kết quả này giúp LPBank HAGL (15 điểm) giành ngôi nhất bảng, SHB Đà Nẵng (13 điểm) xếp nhì, còn TP.HCM (12 điểm) đứng thứ ba.

Bảng D chứng kiến phong độ ổn định của CLB Bóng đá TP.HCM khi đánh bại Đồng Nai 4-1 để khẳng định vị thế số một với 22 điểm. An Giang (17 điểm) hòa Vĩnh Long 1-1 để giữ vững ngôi nhì bảng, trong khi Becamex TP.HCM vượt qua Tây Ninh 2-1 và kết thúc vòng loại với 14 điểm, xếp thứ ba.

Kết thúc vòng loại, 8 tấm vé trực tiếp thuộc về 4 đội nhất bảng là Thể Công Viettel (A), PVF CAND (B), LPBank HAGL (C), CLB Bóng đá TP.HCM (D - đồng thời là chủ nhà VCK), cùng 4 đội nhì bảng gồm Hà Nội (A), SLNA (B), SHB Đà Nẵng (C) và An Giang (D). Ba đội xếp thứ ba có thành tích tốt nhất là Công An Hà Nội (A), Thép Xanh Nam Định (B) và TP.HCM (C). Do CLB Bóng đá TP.HCM đã có vé bằng thành tích, suất đặc cách chủ nhà được chuyển lại cho đội xếp thứ ba còn lại là Becamex TP.HCM (D).

Theo điều lệ, 12 đội sẽ được bốc thăm thành 3 bảng để thi đấu. VCK U17 Quốc gia - Cúp Thái Sơn Nam 2025 sẽ được tổ chức tại 3 sân Bà Rịa (phường Bà Rịa), Long Tâm (phường Tam Long) và sân Tân Hưng (phường Long Hương) ở TP.HCM. Vòng chung kết sẽ diễn ra từ ngày 14/9 đến 26/9 tới. Ngày 8/9, LĐBĐ Việt Nam sẽ tiến hành lễ công bố nhà tài trợ cũng như bốc thăm và xếp lịch thi đấu của vòng chung kết.